A vizsgálataink elvégzéséhez elsősorban fogak és azok a csontok alkalmasak, amelyek nagyobb tömegű kortikális állománnyal rendelkeznek. Ez az állomány őrzi meg ugyanis számunkra az archaikus DNS-t a lehető legnagyobb mennyiségben és a lehető legjobb állapotban. Újabb kutatási eredmények szerint a koponya sziklacsonti része különösen magas arányban tartalmazza a szervezet saját, endogén DNS állományát.
A vizsgálati minták preferencia sorrendje a következőképpen alakul: elsősorban halántékcsont sziklacsonti része (pars petrosa ossis temporalis), másodsorban nagyobb intakt fogak (őrlőfogak), harmadsorban nagyobb kortikális állománnyal rendelkező csontok (pl. combcsont, sípcsont, felkarcsont).
A csontokban fennmaradó DNS állományt a hőmérséklet ingadozása, a nedvesség, illetve egyéb tényezők (pl. savas kémhatás) roncsolják. A földből előkerülő történeti korú csontok felületén az azokat kezelő, feldolgozó személyek ujjlenyomatokat hagynak, melyek DNS nyomokat is tartalmaznak, jelentősen megnehezítve az ősi DNS kutatását. A múzeumi raktárakban tartott csontokban a DNS degradálódása jelentősen felgyorsulhat. A DNS mintavételt ezért célszerű a frissen kiásott (nem mosott) csontokon végezni, lehetőség szerint még az ásatáson, hogy a kontamináció esélyét minimálisra csökkentsük.
Sampling
The most suitable material for archaeogenetic investigations is teeth and those bones, which have thick cortical tissue parts (compacta). These skeletal remains have the best ancient DNA preservation for our analyses. Recent results show that the petrosal parts of the temporal bones preserve a particularly large amount of human DNA compared to other skeletal elements.
Our primary target material is the petrous part of the temporal bones (pars petrosa ossis temporalis). The second examined materials are intact teeth from which molars are favored. Thirdly, long bones are sampled, which have relatively thick compacta, because this part keeps the aDNA in the best quality. Such bones include the femur, tibia, and humerus, which have a robust cortical substance.
Ancient DNA in the organic remains is exposed to effects of heat, thermal changes, humidity, and other environmental effects. Moreover, the post-excavation history of a specimen significantly influences the ancient DNA preservation and possible endogenous DNA content of the sample. In order to avoid modern DNA contamination of the studied specimens, in-situ sampling on the archaeological excavation is considered an ideal approach.